Primer Factory
v.1.0.0 Beta
Primer Factory ist ein Tool zur Primer Suche und zum Primer Design.
Die Primer Suche beruht auf eine lokalen NCBI
Blast durch eine eigens erstellte Datenbank. Dies ist hilfreich, wenn sich im Laufe
der Zeit viele Oligos angesammelt haben. Mit
dem Tool können Sie eine eigene Primer Datenbank erstellen und diese gegen ihre
Zielsequenz blasten. Somit wissen sie genau, wo ihre vorhanden Primer auf der
Sequenz binden. Mühseliges Suchen oder gar neu bestellen der Oligos entfällt.
Des weiteren lassen sich die Blast Hits als
Features im Genbank File Format abspeichern und können dann mit anderen
Programmen verarbeitet werden.
Das Designen von Primern beruht auf dem ePrimer3 Tool von Emboss. Es ist möglich, Primer
für viele Sequenzen über einen Batch Mode auf einmal zu generieren.
Screenshots:
Primer Suche
Hier lässt sich eine neue Oligo Datenbank erstellen bzw.
eine vorhandene laden und dann
gegen die gewünschte Sequenz blasten. Diese kann man entweder als Fasta File angeben
oder direkt in ein Feld einfügen.
Ergebnis Ausgabe in einer Tabelle
Die Hits können in einer Tabelle angezeigt werden. Hier ist nach Prozent/Match
vorsortiert. Ausserdem sieht man die Bindeposition und
ein Alignment (Ausschnitt) des Primers auf der Sequenz. Die Tabelle lässt sich zudem
ausdrucken.
Ausgabe auf der Ziel Sequenz als Grafik
Primer Design
Paarweises Alignment
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